Обычно Google не блокирует аккаунты без предварительного предупреждения или указания причины. Наиболее частой причиной является попытка повлиять на статистику рекламы.
Чаще он просит выполнить подтверждение через СМС (например, если "видит" что вход часто осуществляется с разных IP), но это не является блокировкой.

Программа генерирует поисковые запросы к YouTube для поиска видео. Вероятно, это могло стать причиной появления капчи в Google. Мы изучим эту проблему и поработаем над решением.

Действительно, Google недавно обновил страницу входа и добавил весьма мощную защиту от ботов. Но нашли и внедрили соответствующее решение в программу KruTube, что позволяет ей успешно выполнять свое предназначение.

Трудно сказать почему. Вряд ли это связано с новым способом входа. Ведь тогда заблокировали бы весь аккаунт, а не отдельный сервис. Тем более KruTube сейчас прекрасно справляется с новой страницей логина. Обычно перед наложением каких-либо санкций на аккаунт или канал Google (YouTube) предварительно предупреждает, чтобы пользователь мог понять причину и принять меры. Болезненней всего Google реагирует на действия с рекламой в монетизированных каналах (ну и на площадке AdSense в целом).

Ну как удалось разблокировать каналы? В чем причина была?

Нет не удалось разблокировать. Причина была в том, что с аккаунта часто выполнялись автоматизированные действия, а система анти бот заблокировала всю учётную запись навсегда. Это было в том момент когда ютуб активно чистил свою систему.